Jonny Lee Miller urodził się w Kingston 15 listopada 1972 roku. Jako mały chłopiec brał udział w wielu przedstawieniach szkolnych. Był raczej cichy i nieśmiały. Zadebiutował w 1995 roku w thrillerze "
Hakerzy" w reżyserii
Iaina Softley'a, wcielając się w postać Dade'a Murphy'ego. Jonny talent odziedziczył po ojcu Alanie Millerze, który grywał w teatrze, a także po dziadku
Bernardzie Lee, który grał M we wcześniejszym Jamesie Bondzie. Sławę przyniosła mu rola Sick Boy'a w "
Trainspotting", razem z nim w filmie pojawił się także
Ewan McGregor. Po latach wspólnie z nim oraz
Judem Lawem założył firmę produkcyjną Natural Nylon. W 1997 roku wystąpił w filmie "
Miłość po zmierzchu" autorstwa
Alana Rudolpha. Rok 1999 przyniósł mu rolę Edmunda Bertrama w adaptacji angielskiej powieści Jane Austen "
Mansfield Park". Jonny Lee Miller zagrał także m.in. w "
Speaking Tongues", "Meat" czy "
Bad Company". Był członkiem NYMT (The National Youth Music Theatre).